Persona 3 FES to gra cRPG, w której akcja obserwowana jest przez gracza, z perspektywy trzeciej osoby.
Prowadzący rozgrywkę steruje postacią siedemnastoletniego ucznia, zmieniającego właśnie szkołę. Już pierwszego dnia bohater rozgrywki zostaje zaatakowany przez nieznane monstrum nazywane Shadow. W trakcie tego starcia okazuje się, że sterowana przez gracza postać, posiada niezwykłą umiejętność przywoływania demonów, zwanych Persona. Wezwane przez bohatera stają razem z nim do walki z przeciwnikami.
Wersja gry FES udostępnia około trzydziestu dodatkowych godzin zabawy, w postaci epizodu The Answer, który można aktywować już od pierwszego włączenia gry.
FES wzbogacona została o nowe możliwości interakcji z NPC-ami. Dodatkowo, sterowana przez gracza postać, ma możliwość wybrania się na randkę z Elisabeth poza obszar Velvet Roomu, a także wyprowadzać Koromaru na spacery.
Wśród usprawnień, dotyczących samej rozgrywki, jest zwiększenie stopnia inteligencji towarzyszy broni głównego bohatera.