Syphon Filter: Dark Mirror to gra akcji.
Gracz kieruje postacią tajnego agenta Gaba Logana, który dowiedział się o istnieniu paramilitarnej grupy Red Section, pracującej nad projektem Dark Mirror - czyli nowoczesną bronią masowej zagłady i postanowił pokrzyżować szyki przestępcom.
Zadaniem gracza jest wykonanie 23 misji w trybie rozgrywki jednoosobowej polegających zarówno na infiltrowaniu nieprzyjacielskich instalacji, poszukiwaniu tajnych dokumentów, włamywaniu się do komputerów, jak również eliminowaniu przeciwników oraz osłanianiu innych agentów. Podczas rozgrywki bohaterowi towarzyszy drużyna, w skład której wchodzą przyjaciel Gaba Lian Xing oraz wysłani przez niego szpiedzy.
Gracz ma do dyspozycji nóż i zatrute bądź wybuchające rzutki, pistolety, karabiny i broń snajperską oraz kamerę termowizyjną i noktowizor.
W grze istnieje możliwość rozgrywki wieloosobowej na siedmiu mapach, w następujących trybach: Objective, Deathmatch, Team Deathmatch i Rogue Agent.
Grafika gry jest trójwymiarowa, a elementy otoczenia szczegółowo dopracowane.